Khi ngồi thiền, con người dùng lượng oxy ít hơn bình thường 17%, giảm 3 nhịp tim/phút và tăng sóng alpha và theta ở não giúp cơ thể đi vào trạng thái nghỉ ngơi. Ngoài ra, thiền định và quán chiếu có thể chế phục được một vùng não lưu trữ những ký ức sợ hãi. Trong khi đó, tuyến thượng thận cũng tiết ra adrenaline, điền khiển nhịp tim trong các trường hợp sợ hãi, hoảng hốt gần như được khống chế hoàn toàn. Đó là lí do vì sao những thiền sư hay người hành thiền lâu năm khó bị chấn kích, bất an, hoảng hốt hay nổi giận như những người bình thường khác.